Decyzja o powołaniu do życia organizacji pozarządowej wiąże się z koniecznością wyboru odpowiedniej formy. Błąd popełniony na tym etapie może rzutować na elastyczność operacyjną podmiotu, jego strukturę decyzyjną oraz możliwości pozyskiwania funduszy zewnętrznych. Dwiema najpopularniejszymi formami prawnymi w polskim systemie są fundacja oraz stowarzyszenie (rejestrowe lub zwykłe), uzupełniane przez specyficzne struktury, takie jak koła gospodyń wiejskich (KGW) czy szerzej pojęte podmioty ekonomii społecznej (PES), w tym spółki non profit.

Zasadnicza różnica między fundacją a stowarzyszeniem tkwi w modelu działania. Fundacja opiera się na substracie majątkowym – jest to celowy fundusz przekazany przez fundatora (osobę fizyczną lub prawną) na realizację określonych, użytecznych społecznie lub gospodarczo zadań. Stowarzyszenie z kolei opiera się na substracie osobowym – stanowi dobrowolne, samorządne i trwałe zrzeszenie osób fizycznych realizujących wspólne cele. Wybór formy prawnej determinuje późniejszy model zarządzania: autokratyczno-zarządczy w fundacji lub demokratyczno-członkowski w stowarzyszeniu.

Z punktu widzenia strategicznego planowania działań, fundację rekomenduje się twórcom, którzy posiadają zdefiniowany kapitał lub chcą jednoosobowo kontrolować kierunek rozwoju organizacji za pomocą silnej, zarządczej struktury. Stowarzyszenie rejestrowe jest natomiast optymalne dla ruchów społecznych i inicjatyw oddolnych wymagających zaangażowania szerokiej bazy członkowskiej, gdzie decyzje zapadają demokratycznie. Stowarzyszenie zwykłe stanowi zaś rozwiązanie pomostowe, pozwalające na szybkie, bezkosztowe sformalizowanie działalności lokalnej grupy nieformalnej, lecz pozbawione możliwości prowadzenia działalności gospodarczej oraz ubiegania się o status organizacji pożytku publicznego (OPP).